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Shinichi Kudo est élève en première au lycée Tivedétec (Teitan). Pour avoir résolu plusieurs enquêtes difficiles, il est considéré par beaucoup comme l'aide la plus précieuse que la police japonaise pouvait espérer.

Un jour, lors d'une sortie avec son amie Ran Mouri dans un parc d'attraction après avoir résolu une affaire de meurtre, il fait la rencontre d'hommes étranges vêtus de noir qu'il avait vus précédemment sur les lieux d'un crime. Par curiosité et intuition, Shinichi les suit et comprend que ce sont des maîtres chanteurs. L'ayant découvert, ils lui font boire un poison expérimental pour le faire taire. L'effet est inattendu : son corps rajeunit, mais ses facultés de détective restent inchangées. Shinichi, aidé par son voisin le Dr. Agasa, inventeur génial et farfelu, décide de partir à la recherche de l'organisation secrète dont il a été victime. Shinichi cache sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa (de Sir Arthur Conan Doyle et d'Edogawa Ranpo), et se réfugie chez Ran, dont le père encore peu connu, Kogoro Mouri, s'est mis à son compte en tant que détective privé après avoir quitté la police.

Shinichi trouve vraiment injuste le fait que, adulte, tout le monde l'écoutait, et que enfant, on ne lui accorde aucun moment où il peut résoudre une affaire. Il résout les affaires bien plus vite que le père de Ran, mais il est obligé d'attendre le bon moment pour faire en sorte que Mouri comprenne son "point de vue" sans attirer l'attention sur lui...

Depuis l'arrivée de Conan, Mouri commence à être de plus en plus célèbre. En effet, régulièrement, lorsque Conan a enfin élucidé le mystère d'une affaire sur laquelle Mouri travaille, il endort ce dernier avec un gadget fabriqué par Agasa inclus dans sa montre, qui peut tirer un projectile hypodermique. Il se cache ensuite, et, grâce à son nœud papillon (un autre gadget d'Agasa), prend la voix de Kogoro (Il arrive aussi que Conan soit obligé de prendre la voix de quelqu'un d'autre). Kogoro Mouri est donc appelé le "détective endormi" (Nemuri no Kogoro en japonais), à cause de son air assoupi pendant qu'il "résout" une affaire. Kogoro et Ran ne connaissent pas la vraie identité de Conan. Aussi, lorsque Conan fait une déduction en public, Ran s'étonne. Conan s'en tire souvent par une pirouette, tandis que Mouri s'énerve car il trouve qu'un enfant n'a pas à se trouver sur les lieux d'un crime ni à essayer de les résoudre...