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Au printemps, deux jeunes filles se rencontrent : Mato Kuroi et Yomi Takanashi. Malgré qu'elles aient des personnalités littéralement opposées, elles vont vite devenir amies.

Mais dans un monde parallèle, elles sont Black Rock Shooter et DeadMaster, deux guerrières qui se livrent un ultime combat.

Peu de temps après, une jeune fille aux yeux rouges qui prétend s'appeler Black Gold Saw apparait et se lance elle aussi dans la bataille et compte bien les éliminer toutes les deux.