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Yukino Yayoi est la jeune assistante du professeur Amamori, un scientifique qui travaille dans un observatoire de Tokyo. Elle a un ami du nom de Hajime qui est le neveu du professeur. Mais en réalité, Yukino se nomme Prométhium et est la Reine Millénium, la souveraine de la planète La Metal.
Cette planète a la particularité d'envoyer sur Terre, tous les mille ans sa représentante attitrée qui se doit de recenser les quelques personnes dignes de vivre sur La Metal. Et le délai de "Mille printemps" de Prométhéum, qui s'est attachée aux humains au point d'en négliger sa mission, est sur le point de s'achever, à sa plus grande tristesse.
Les choses se compliquent lorsqu'elle rencontre sa future remplaçante, sa sœur, Seren.
Puis, plus tard, elle apprend que la planète dont elle est originaire va percuter la Terre dans 180 jours, ce qui provoquera son anéantissement immédiat.
Yukino est déchirée par ses obligations liées à son rang et son amour pour la planète qui l'a recueillie. Elle ne peut se résoudre à laisser la Terre à son propre sort. De son côté, Hajime, parti à la recherche de Yukino, va tout tenter pour sauver la Terre.

— Allociné