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Young GTO est la jeunesse d'Eikichi Onizuka (personnage principal de GTO) et de son meilleur ami Ryuji Danma. Ils sont encore au lycée mais ont déjà formé leur duo de choc l'Onibaku Combi ("combi" pour duo et "oni" de Onizuka, qui signifie démon et "baku" pour Danma, parce que "bakudan" signifie bombe, autrement dit : littéralement "duo démon-bombe", ou le "duo des démons explosifs"). À peine arrivés dans leur nouvel établissement, ils sont déjà les caïds et maîtrisent "facilement" leurs senpaï (aînés). Mais d'autres aventures attendent nos héros, des combats mais aussi des histoires de cœur.

Transférés de Kyokuto à Tsujido, Eikichi et Ryuji profitent de l'été pour draguer deux jeunes femmes et ainsi perdre leur pucelage. Mais leur passé de yankees les rattrape et les empêche de conclure. Ils découvrent ensuite que leurs copines de vacances ne sont autre que leurs nouveaux professeurs. Au lycée, de nombreux personnages rejoignent leur bande : Makoto, Tsukaï, Abe, ainsi que les chiens enragés de Kamakura, Kamata et Saejima.