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Shaolan, fils adoptif de Fujitaka, un archéologue, fait des fouilles dans le désertique pays de Clow, où il découvre des vestiges mystérieux. Mais lorsque son amie d'enfance, dont il est amoureux, Sakura, princesse du royaume, s'en approche, elle semble aspirée par une forte puissance magique. Shaolan la retient, mais les souvenirs et l'âme de Sakura s'envolent, dispersés à travers les dimensions, sous forme de plumes.

Yukito, grand prêtre du royaume, transporte alors Shaolan et Sakura dans une autre dimension où vit Y?ko, la sorcière des dimensions capable d'exaucer n'importe quel vœu. Prêt à tout pour sauver Sakura, dont le corps sans mémoire ne survivra pas longtemps, Shaolan accepte le prix à payer, imposé par Y?ko : il pourra récupérer tous les souvenirs de son amie mais leur rencontre et tout ce qu'ils ont vécu ensemble disparaîtra de la mémoire de Sakura à son réveil.

Aidé par Kurogane, ninja envoyé par la princesse Tomoyo afin de canaliser ses pulsions meurtrières, Fye, qui fuit son Monde d'origine, et Mokona Modoki, une « boule de poil blanche » (proche du marshmallow ou du manjuu) qui leur permet de contacter Yuko en cas de problème et de se déplacer à travers les dimensions, Shaolan va se mettre en quête des souvenirs de Sakura.
Mais ceux-ci renferment une immense puissance qui attire de nombreuses convoitises…